Как случилось, что чёрный кофе превратился в чёрное кофе?

Answer 1

Потому что для большинства существительных мужского рода в русском языке свойственно окончание -А, -Я или нулевое (папа, дядя, стол)

Сответственно на подсознании замиствованное слово "кофе" в мужской род русского языка вписывается как у собаки пятая нога.

Просто после заимствования это слово так решили записать лингвисты в словарь, в мужском роде и всё. Наплевав на традиции окончаний русских слов.

Окончание -E традиционно у огромного количества слов среднего рода: варенье, печенье, солнце, поле, море.
Абсолютно естественно носителям языка определять род по аналогии с дргуим похожими словами. )

Сейчас оба употребления сделали правильными.